[VPython] Siła sprężystości

Dwie symulacje, właściwie bliźniacze, w których prezentowane jest działanie siły sprężystości (bez tłumienia). Każdy układ ma inną stałą sprężystości i położenie początkowe, dlatego zachowują się inaczej. W pierwszym przykładzie na układ działa dodatkowo siła grawitacji

W drugim przykładzie mamy ciało poruszające się na sprężynie horyzontalnie bez poślizgu. Nie jest rozważana siła grawitacja, która i tak by była równoważona przez oddziaływanie podłoża.

[VPython] Grawitacja

Moja symulacja grawitacji z użyciem VPython-a.

paramiko/rforward.py i py2exe

Dobrze jest mieć w zanadrzu mechanizm pozwalający na uruchomienie pythonowego skryptu na systemie pozbawiony interpretera. Do celów testowych wybrałem rforward.py, który pozwala na stworzenie tunelowanego połączenia, pochodzący z biblioteki Paramiko. Wydaje się, że biblioteka jest całkiem rozbudowana, więc może być dobrym polem do testów. Zestaw linków:

• http://www.py2exe.org/index.cgi/Tutorial
• https://github.com/paramiko/paramiko/blob/master/demos/rforward.py
• https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=5555

Instalacja pakietów dla Paramiko i py2exe:

c:\Python34\Scripts>pip install cryptography
c:\Python34\Scripts>pip install pycrypto
c:\Python34\Scripts>pip install paramiko

c:\Python34\Scripts>pip install py2exe

Domyślny pip dostarczony wraz z interpreterem miał kłopot, aby zainstalować niektóre pakiety. Okazało się, że aktualizacja do najnowszej wersji rozwiązuje problem.

You are using pip version 7.1.2, however version 8.1.2 is available.
You should consider upgrading via the 'python -m pip install --upgrade pip' command.

Problemem okazała się również wersja pythona, której używałem. py2exe działa do wersji 3.4. Wersji 3.5 towarzyszą jakieś zawirowania i trzeba będzie na nią jeszcze poczekać.

Building 'dist\rforward.exe'.
error: [Errno 2] No such file or directory: 'c:\\Python35\\lib\\site-packages\\py2exe\\run-py3.5-win-amd64.exe'

Aby stworzyć plik wykonywalny należy stworzyć skrypt setup.py, w którym wyszczególnimy z jakich plików składa się nasz program.

from distutils.core import setup
import py2exe
from glob import glob

setup(console=['rforward.py'],
      data_files = [('', ['C:\\Windows\\System32\\msvcr100.dll',
                          'C:\\Windows\\System32\\msvcp100.dll'])])

To czego może zabraknąć na docelowej maszynie, to biblioteki z Visual Studio 2010, których wymaga do działania python. Można je również zainstalować za pomocą Microsoft Visual C++ 2010 Redistributable Package (x86). Ja wybrałem wersję na 32-bitową, zgodną z zainstalowanym interpreterem. Tutorial py2exe (dla starszej wersji pythona), ostrzega o restrykcjach odnośnie kopiowania tych bibliotek, a mianowicie powinno kopiować się wszystkie trzy, a nie tylko wybraną oraz manifest. Pozostawię to jako kwestię otwartą, ponieważ, nie mogłem znaleźć tego w dokumentacji, ponadto jeden z plików (msvcp100.dll), gdzieś wyparował. Z tego co wiem do działania wymagany jest jedynie msvcr100.dll (nie testowałem). Pliki należy skopiować, do głównego katalogu, tak, by exe mógł je odnaleźć.
Aby zbudować plik wykonywalny wystarczy wywołać setup.py z opcją py2exe. Całość potrzebna do działania programu powinna znaleźć się w katalogu dist.

c:\Python34\python.exe setup.py py2exe

Windows 7 update ...

Jak wymusić aktualizację sytemu (Windows 7) po świeżej instalacji. Mechanizm nie informuje o postępie poszukiwań i można czekać na to kilka dni. Ratunkiem są dwa patche, (może będą kolejne, bo co jakiś czas przestaje działać): KB3102810, KB3172605.

Warto sprawdzić, czy są one już obecne w systemie, a przed dokonaniem aktualizacji najlepiej wyłączyć usługę odpowiedzialną za aktualizację (Start | services.msc | "Windows Update | Stop) i włączyć ją ponownie po:

PS C:\Users\beru> get-hotfix -id KB3102810
PS C:\Users\beru> get-hotfix -id KB3172605

[python] Prosty skrypt z uruchomieniem wątku.

Jak mówi Internet CPython w związku z istnieniem mechanizmu Global Interpreter Lock (GIL) nie pozwala na wykonanie więcej niż jednego wątku:

• https://docs.python.org/3/library/threading.html#thread-objects
• https://softwareengineering.stackexchange.com/questions/186889/why-was-python-written-with-the-gil

CPython implementation detail: In CPython, due to the Global Interpreter Lock, only one thread can execute Python code at once (even though certain performance-oriented libraries might overcome this limitation). If you want your application to make better use of the computational resources of multi-core machines, you are advised to use multiprocessing or concurrent.futures.ProcessPoolExecutor. However, threading is still an appropriate model if you want to run multiple I/O-bound tasks simultaneously.

Niemniej jednak Python posiada stosowne API, które da się wykorzystać w innym interpreterze bez ograniczeń GIL, albo przy zadaniach typu I/O.

Queue (kolejka) zapewnia bezpieczny mechanizm do wymiany informacji pomiędzy wątkami.

• Każde zawołanie Queue.put() zwiększa licznik, który jest dekrementowany w momencie zawołania Queue.task_done().
• Główny wątek jest blokowany przez Queue.join(), do momentu, gdy wszystkie elementy z kolejki zostaną przetworzone.
• Funkcja Queue.get() jest domyślnie blokująca, tzn. wątek zawiesza działania, jeżeli nie ma już danych do przetworzenia.
• Thread.daemon - wszystkie wątki potomne zostaną zabite wraz z wątkiem głównym.

Często po wywołaniu programu na konsoli pojawia się informacja o wystąpieniu wyjątku. Jest to związane ustawieniem daemon=true. Interpreter nie zdążył z czystym zamknięciem wątku gdy kończony jest wątek główny. Rozwiązaniem byłby mechanizm w samum wątku, pozwalający na jego zakończenie, gdy nie jest on już potrzebny. W przypadku prostych skryptów, raczej nie trzeba się tym przejmować.

• https://pymotw.com/2/Queue/
• http://stackoverflow.com/questions/20596918/python-exception-in-thread-thread-1-most-likely-raised-during-interpreter-shutd

# -*- coding: utf-8 -*-

from Queue import Queue
from threading import Thread, current_thread

def worker():
    while True:
        item = q.get()
        print current_thread().name + ': ' + str(item[0] + item[1])
        q.task_done()

q = Queue()
num_worker_threads = 3

for i in range(num_worker_threads):
    t = Thread(target=worker)
    t.daemon = True
    t.start()

for item in [(1, 2), (4, 7), (5, 2)]:
    q.put(item)

q.join()

Wynik:

Thread-2: 3
Thread-2: 11
Thread-3: 7

pdfunite - łączenie kilku dokumentów w jeden

Magiczny zlepek komend do połączenia kilku pdf-ów w jeden.

ls -v *.pdf | bash -c 'IFS=$'"'"'\n'"'"' read -d "" -ra x; pdfunite "${x[@]}" output.pdf'

[Chemia] Białka

Dwie interesujące prezentacje na temat białek.
Wyjaśnienie czym są białka i jak są zbudowane. Paul Andersen "Proteins":



O człowieku, który buduje własne białka (z wykorzystaniem Lisp-a i LLVM) i chce budować jeszcze, oraz dlaczego C++ się do tego nie nadaje. Christian Schafmeister "Clasp: Common Lisp using LLVM and C++ for Molecular Metaprogramming":